פרויקט אוכלוסיות המייסדים של MyHeritage הוא פרויקט מיוחד במינו. מדובר בפרויקט הגדול מסוגו שבוצע אי פעם, בהשתתפותם של מעל 5,000 אנשים שנבחרו בקפידה מתוך 92 מיליון המשתמשים הקיימים ב-MyHeritage. המשתתפים נבחרו על בסיס אילנות היוחסין שלהם - המשתמשים שנבחרו כזכאים להשתתף הם משתמשים בעלי אילנות היוחסין אשר העידו על מורשת עקבית מאותו האזור או מאותו מוצא אתני במשך כמה דורות.
אוכלוסיות מייסדים הם אנשים אשר אבותיהם הקדמונים חיו במשך מספר דורות באותו אזור בעולם, כך שהדנ''א שלהם אופייני מאוד לאזור. באמצעות בדיקת הדנ''א של משתתפי הפרויקט, הצליחה MyHeritage לבסס פרופילים המשקפים את רצף הדנ''א הייחודי לכל אזור.
MyHeritage השתמשה בתהליך סטטיסטי הנקרא Principal Component Analysis (ניתוח גורמים ראשיים) על מנת להבטיח כי כל אוכלוסיית מייסדים מבוססת היטב, תוך הוצאת חריגים שאינם שייכים לאוכלוסייה ואנשים שטעו בנוגע למורשת שלהם. התוצאה הסופית הפכה לכלי סימוכין עשיר מאוד ועקבי עבור 42 אוכלוסיות המייסדים, תוצאה הנחשבת לטובה ביותר מסוגה בעולם. MyHeritage מסתמכת על תוצאה זו בעת ניתוח הדנ''א שלך, על מנת לזהות את פירוט המוצא האתני שלך מבין 42 המוצאים האתניים המוצעים, תוך הצגת פירוט האחוזים של כל מוצא רלוונטי. זוהי הערכת המוצא האתני שלך.